3. iddianamenin sanıkları arasında yer alan Prof. Dr. Yalçın Küçük, Ergenekon ile PKK terör örgütleri arasındaki irtibatı sağlamakla suçlanıyor. Yalçın Küçük, emniyet ve savcılık sorgusunda söz konusu iddiaları kabul etmiyor. PKK'nın lideri Abdullah Öcalan'la yakalandığı 1999'dan bu yana görüşmediğini ileri sürüyor.
Ancak Küçük'ün telefon kayıtları ve günlüğündeki notlar kendisini yalanlıyor. Küçük'ün, Öcalan'ın avukatlarından İrfan Dündar ile 20 Kasım 2008'de yaptığı telefon görüşmesi üçüncü iddianamede yer aldı. Telefon görüşmesinde Dündar'a 'dikkatli olunması gerektiğini' anlatıyor. Öcalan'ın avukatları Doğan Erbaş ve Aysel Tuğluk'u kastederek, "Bana Doğan geliyordu, Ondan sonra Aysel geliyordu. Siz de onlarla beraberdiniz değil mi?" diye soruyor. Dündar, "Evet efendim." şeklinde cevaplıyor. Küçük'te ele geçirilen bir dokümanda da Küçük'ün Doğu Perinçek'e yazdığı 'Sevgili Doğu' hitabıyla başlayan bir bölüm yer alıyor. Küçük orada şu ifadeleri kullanıyor: "Öcalan'dan bana selam getirdiler. Ben de selamlarımı ve iyilik dileklerimi gönderdim." Yalçın Küçük'ün günlüklerinde PKK ile ilgili tuttuğu notlar da örgütle ilişkisini gözler önüne seriyor. Küçük sorgusunda suçlamaları reddetse de, notlardan Öcalan'la sürekli temas halinde olduğu ve kurulması planlanan 'Kürdistan' konusunda önemli çalışmalar yaptığı anlaşılıyor. Küçük, Türkiye'den 'yabancı bir devlet' gibi bahsediyor. Notlarında sürekli 'Kürdistan' ifadesini kullanıyor. Sorgusunda, Öcalan'a 'sayın' demediğini iddia eden Küçük, ayrıca, terörist başını herhangi bir şeyin başkanı olarak da görmediğini iddia ediyor. Ancak notlarında Öcalan'dan 'lider' diye bahsediyor. Yalçın Küçük'ün günlüğünden PKK notları
Doğu'da PKK'yı diğer ülkelerde vurmak için kararname çıkarılmış. Önemli ve tehlikeli. Savaşa gidebilir. Muhalefetin haberi yok. Apo'yla buluştum. Güzelleşmiş buldum. Filozofça bir hal gelmişti. Apo mülakatı gerçekten olay oldu. Çok memnunum. Kürdistan Cephe'de askerliğini bitiren, tezkere bekleyen bir genç gibiyim. Küçük'ün örgütü yok dediler. Hep örgütüm oldu. Hep örgüt kullandım. DEV-... PKK, TİP hep örgütüm oldu. Yaptığımız işin iyice anlaşılması için zamana gerek var. Ancak 'Yeni Apo' kesindir. Darbe oluşuyor. Yepyeni bir Türkiye. Otuz bin özel tim. Kürtlerden oluşacak. Çok iyi bir yerdeyiz. Öcalan'ın İtalya'ya çıkması Ankara'nın aleyhine döndü. Kürdistan ve Türk solunun eline önemli bir fırsat geçti. Öcalan'ın İtalya'da siyasî statü alacağının ilan edilmesi önemli bir aşamadır. Kürtlerin Roma'yı Kuzey Kürdistan afişleriyle süslemesi işarettir. Kardeşlerimizin çizgimize yaklaşması önemli bir ihtimaldir. LİDER SESSİZ KALMASINI BİLMELİDİR Dün PKK'nın 20. kuruluş töreni vardı. Tiyatro oldu. Koro vardı, ikisi kız altı mahpuslu koro oldular. Erkeklerden... Mehmet, dizlerinin hemen altından iki ayağı yoktu. İnsanımızı bozuyoruz. Apo, İtalya'dan ayrılmış... Türk hükümeti dikkatleri İtalya üzerine toplamak istiyordu ve Avrupa'yı sahte bir problem ile zorluyordu. Eğer telefon tutkusunu yenebilirse iyi olur. Bizim için daha iyi olur öyle sanıyorum. Lider bir süre sessiz kalmasını bilmelidir. Mimarisinin kendisi olmadan ayakta kalıp kalmayacağını görmek için imkan hazırlamalıdır. PKK materyalist bakamadığı için bu hale geldi. Türkiye'nin PKK mücadelesine ihtiyacı olduğunu göremedi. Çok uyardım, etkili olamadım. 27 Mayıs'ı yaptım. Kürtleri kalkıştırdım. Çaresiz kaldım. Devrim yaparız. Açabileceğimiz tek yol devrim kaldı. Bize bırakılan tek kapı devrim. Devrim tek çaredir
Konu: 'Kürdistan cephesinde asker gibiyim' 
